La protecció contra amenaces malicioses implica la posada en pràctica de mesures de seguretat per prevenir atacs cibernètics i evitar malwares, virus o altres amenaces similars, amb l’ús d’eines de protecció contra virus i de prevenció d’intrusos.

Una de les principals preocupacions de la seguretat al núvol és la privacitat de les dades. Molts proveïdors de serveis al núvol ofereixen encriptació de dades i altres mesures de seguretat, per tal de mitigar la preocupació dels usuaris per accedir a les seves dades, sobretot si és informació sensible, com la financera o la de clients empresarials.

Una altra preocupació important en la seguretat al núvol és la disponibilitat dels serveis. Molts proveïdors de serveis al núvol disposen de mesures de contingència en cas de fallades del sistema o interrupció del servei. Amb aquestes es garanteix que els usuaris puguin accedir en qualsevol moment a les seves dades, encara que hagi algun tipus de problema.